Lékařská mikrobiologie II

Transkript

1 Publikováno z 2. lékařská fakulta Univerzity Karlovy ( LF2 > Lékařská mikrobiologie II Lékařská mikrobiologie II Napsal uživatel Marie Havlová dne 8. Březen :00. Sylabus praktických cvičení Lékařská mikrobiologie magisterské studium 3. ročník zimní semestr 1. Odběr materiálu, transport (opakování) Odběr a transport materiálu na mikrobiologické vyšetření je jedním ze základních předpokladů záchytu patogenů, event. vyloučení jejich přítomnosti. Odběr a transport se řídí přesnými pravidly, při jejichž nedodržení může dojít i k poškození pacienta. Toto praktikum slouží jako shrnutí poznatků z prvního semestru a k zopakování možností při odběru a transportu. Jako doplněk bude používána laboratorní příručka, která je dostupná na stránkách oddělení. Studenti dostanou informace o odběru obecně, ve druhé části budou probrány jednotlivé systémy se specifickými možnostmi získání validního materiálu. 2. Diagnostika obtížně kultivovatelných bakterií Přehled diagnostických postupů v takových případech kultivace, využití tzv. rychlých testů a molekulárních biologických metod, interpretace sérologických výsledků. 3. DNA viry Klinické souvislosti DNA virových infekcí latentní infekce, ovlivňování imunitního systému, diagnostická okna různých detekčních technik, klinické příznaky a dopady infekcí, zejména u imunokompromitovaných pacientů. Hlavními tématy budou lidské herpesviry (alfa, beta i gama), adenoviry a polyomaviry.

2 4. RNA viry Klinické souvislosti RNA virových infekcí ovlivňování imunitního systému, diagnostická okna různých detekčních technik a správný odběr pro detekci respiračních virů, klinické příznaky a dopady infekcí, zejména u imunokompromitovaných pacientů. Hlavními tématy budou lidské respirační viry, neurotropní viry (enteroviry) a viry průjmovitých onemocnění rotaviry, noroviry. 5. Infekce kůže a měkkých tkání, infekce v místě chirurgického výkonu, infekce kostí a kloubů, anaerobní infekce Infekce kůže a měkkých tkání jsou obvykle vyvolány kmeny S. aureus, S. pyogenes a anaerobními bakteriemi, především C. perfringens. Původci infekcí v místě chirurgického výkonu jsou velmi variabilní v závislosti na lokalizaci provedeného výkonu. Infekce kostí a kloubů jsou vyvolány převážně kmeny S. aureus, beta-hemolytickými streptokoky, některými enterobakteriemi aj. Problematika infekcí kloubních náhrad je odlišná, vyvolavateli jsou často i málo virulentní kmeny s afinitou k umělým povrchům, jako jsou koaguláza negativní stafylokoky.

3 6. Původci infekcí respiračního traktu Respirační infekce jsou důvodem nejvyšší morbidity. Praktické cvičení bude zaměřeno zejména na demonstraci a procvičování diagnostiky nejvýznamnějších původců infekcí horních a dolních dýchacích cest. Základem diagnostiky bakteriálních infekcí vyvolaných např. Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae, Bordetella pertusis a B. parapertussis, Corynebacterium diphteriae, Arcanobacterium haemolyticum jsou fenotypové metody kultivace, identifikace, antibiogram. Základem diagnostiky atypických bakteriálních pneumonií způsobených Mycoplasma pneumoniae a Chlamydophila pneumoniae a rovněž virových infekcí (např. viry chřipky, adenoviry, RSV atd.) je průkaz časných (IgM, event. IgA) a pozdních protilátek (IgG) enzymovou imunoanalýzou (ELISA) nebo průkazem komplement fixačních protilátek (KFR). Průkaz antigenů respiračních původců nebo průkaz virových nukleových kyselin (PCR) lze provádět rovněž přímo ze sputa nebo nasofaryngeálního výtěru (panel na diagnostiku respiračních virových patogenů) nebo výjimečně průkazem antigenu z moči (Streptococcus pneumoniae a Legionella pneumophila). 7. Původci neuroinfekcí Infekce centrálního nervového systému (CNS) lze rozdělit na purulentní (obvykle bakteriální etiologie) a nehnisavé aseptické (obvykle virová etiologie). Praktické cvičení bude zaměřeno zejména na demonstraci a procvičování diagnostiky nejvýznamnějších bakteriálních a virových původců infekcí CNS. Základem diagnostiky bakteriálních infekcí vyvolaných Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Haemophilus influenzae typ B a Listeria monocytogenes jsou fenotypové metody přímý průkaz pomocí mikroskopie, aglutinace, kultivace, identifikace a antibiogram. Základem diagnostiky virových neuroinfekcí (např. arboviry klíšťová encefalitida, poliomyelitida, encefalitida vyvolaná herpes simplex HSV1 a HSV2) je průkaz protilátek (IgM, IgG) enzymovou imunoanalýzou (ELISA) nebo přímo z likvoru pomocí průkazu nukleových kyselin (PCR), kterou lze použít rovněž na průkaz bakteriálních původců infekce CNS. Chronická borelióza se nejčastěji projevuje jako meningoencefalitida nebo myelitida a její laboratorní průkaz je obtížný.

4 8. Parazitologie Shrnutí obecné části. Materiál používaný k parazitologickým vyšetřením. Odběr, zpracování a způsob vyšetření materiálu. Metody vyšetření parazitárních nákaz přímým a nepřímým průkazem, jejich principy a postupy. Diagnostika a určení prvoků, helmintů a členovců. Praktická ukázka prvoků a helmintů v mikroskopických a lihových preparátech. 9. Původci infekcí gastrointestinálního traktu Infekce gastrointestinálního traktu jsou velmi častá. Praktikum bude zaměřeno na možnosti správné diagnostiky na základě anamnestických údajů. Základem diagnostiky enterobakterií (např. rody Salmonella, Shigella, enteropatogenní E. coli, Vibrio) a kampylobakterů je kultivace a identifikace doplněná o stanovení citlivosti na antibiotika. Budou demonstrovány také testy prokazující produkci toxinů u C. difficile nebo testy ověřující přítomnost virových antigenů přímo ve stolici. Zmíněna bude také diagnostika Helicobacter pylori jakožto významného patogena průkaz zahrnuje jak přímou, tak i nepřímou diagnostiku pomocí stanovení přítomnosti specifických protilátek. 10. Původci infekcí urogenitálního traktu Močové infekce jsou spolu s infekcemi respiračního traktu nejčastější zánětlivá onemocnění. Aspekt bude kladen na správný odběr a transport vhodného materiálu. Cílem je validní kvantitativní a kvalitativní vyhodnocení narostlých bakteriálních kultur, stanovení citlivosti, event. doporučení vhodné antibiotické léčby. Demonstrace testů prokazujících přítomnost obtížně kultivovatelných bakterií (mykoplazmata, ureaplazmata).

5 11. Infekce krevního řečiště, hemokultivace Infekce krevního řečiště patří mezi riziková bakteriální onemocnění, mohou vést i ke vzniku septických stavů a ohrožení života nemocného. Mezi významná agens, která se podílejí na těchto infekcích, patří především kmeny Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae a Staphylococcus aureus, v posledních letech se zvyšuje četnost koaguláza negativních stafylokoků. Na výskyt patogenů má vliv základní onemocnění pacienta (infekce krevního řečiště vyvolané koaguláza negativními stafylokoky jsou časté u nedonošených a malých dětí a u pacientů s intravaskulárními katetry, infekce vyvolané gramnegativními bakteriemi se vyskytují především u pacientů s umělou plicní ventilací, s infekcemi plic a močových cest a s infekcí v oblasti gastrointestinálního traktu). 12. Mykologie Nejvýznamnější rody morfologie, laboratorní diagnostika: kultivace podmínky, růstové vlastnosti, identifikace jednoduché a podrobné testy, význam molekulární diagnostiky, patogenita, přehled klinických forem onemocnění, základy terapie, epidemiologické souvislosti. 13. Infekce u imunosuprimovaných pacientů Přehled nejčastějších původců oportunních (bakteriálních, virových, mykotických i parazitárních) infekcí u jednotlivých skupin imunosuprimovaných pacientů, specifika diagnostiky a význam molekulární biologie pro detekci oportunních infekcí, základy strategie terapie. 14. Konzultace, zápočty URL zdroje (upraveno :11):